El Secretario Nacional es la máxima autoridad de la Secretaría. Le corresponde dirigir y coordinar las funciones técnicas y administrativas de la Secretaría, así como velar por la correcta, eficiente y transparente administración de los recursos asignados y el cumplimiento de la misión institucional. 

Es la autoridad inmediata inferior del Secretario Nacional, es también responsable de dirigir el Fondo Nacional de Ciencia y Tecnología -Fonacyt- y de coadyuvar con el Secretario Nacional en la planificación, organización, dirección, supervisión y control de las funciones y actividades de las direcciones, y unidades de la Secretaría, para el logro de los objetivos de la Secretaría.  

Es el órgano responsable de programar, dirigir, coordinar, capacitar y realizar actividades con equidad e inclusión en la Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología -Senacyt- y en el Fondo Nacional de Ciencia y Tecnología Fonacyt, así como apoyar a las mujeres en su desarrollo científico y tecnológico. 

Es el órgano responsable de organizar, dirigir, supervisar y controlar la planificación estratégica y operativa institucional de conformidad al ordenamiento jurídico, políticas públicas de gobierno y normativas técnicas de los entes rectores, así como su evaluación y el desarrollo Institucional. Asimismo, le corresponde elaborar y actualizar los manuales de las direcciones y unidades que conforman la Secretaría, a fin de documentar y sistematizar los procesos institucionales. 

Es el órgano responsable de brindar asesoría jurídica y legal a la Secretaría con fundamento en las leyes nacionales e internacionales de las cuales Guatemala es parte, realizar análisis jurídicos y emitir opinión de los expedientes administrativos y apoyar en el seguimiento a los casos de litigio en donde la Secretaría sea parte. 

Es el órgano responsable de establecer las normas y procedimientos para garantizar a toda persona que solicite información pública, el debido acceso a los actos e información que consten en los archivos, registros o cualquier forma de almacenamiento de datos con el que cuenta la institución. 

Es el órgano responsable de la fiscalización administrativa, contable y financiera de la Secretaría, encargada de evaluar los sistemas de control interno, proponiendo mejoras para evitar riesgos en la realización de las diferentes actividades 

Es el órgano responsable de generar propuestas y acciones institucionales orientadas a la implementación y cumplimiento de la política de calidad, verificando que los objetivos que se han planteado en las etapas previas se cumplan dentro de los plazos y con los recursos que han sido asignados. 

Es el órgano responsable de planificar, organizar, coordinar y controlar los procesos técnicos de los programas, proyectos y actividades de ciencia, tecnología e innovación en sus diferentes etapas y lo relacionado a las líneas de financiamiento del Fondo Nacional de Ciencia y Tecnología, Fonacyt.

Es la responsable de generar propuestas y acciones institucionales orientadas a la implementación de políticas de popularización de la producción científica y tecnológica. Así como de planificar, programar, dirigir, ejecutar y evaluar todas las actividades que en materia administrativa y de popularización de la producción científica se realicen en la Secretaría 

Es el órgano responsable de proponer, desarrollar e implementar políticas de cooperación y de gestión de apoyo técnico y/o financiero para actividades científicas, tecnológicas y de innovación, estableciendo mecanismos de coordinación que permitan canalizar fondos y/o recursos a nivel nacional e internacional. 

Es el órgano responsable de planificar, organizar, dirigir, supervisar y controlar los recursos y sistemas informáticos de la Secretaría, estableciendo normas, estándares, políticas y metodologías relacionadas con las tecnologías de la información, comunicaciones e infraestructura, así como dar apoyo tecnológico para el desarrollo de las Tecnologías de la Información y Comunicación a Nivel Nacional. 

Es el órgano responsable de planificar, organizar, dirigir y controlar los procesos de administración de puestos, reclutamiento, selección y contratación de personal de la Secretaría, así como de la evaluación del desempeño, compensaciones, gestión y desarrollo del recurso humano y seguridad ocupacional.

Es el órgano responsable de planificar, organizar, dirigir, supervisar y controlar el apoyo logístico de la Secretaría, las adquisiciones y contrataciones de bienes, suministros y servicios, velando por el resguardo de los bienes propiedad de la Institución, el uso racional, efectivo, eficiente y transparentes de los recursos presupuestarios, contables y financieros con base a las normas legales y técnicas correspondientes.